一、与化肥混施好处多
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。其实菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，还容易烧根，造成黄苗等现象，如果施用化肥时配合冲施土壤等生物菌剂，则会减少根系被大化化颗粒烧伤等问题发生。
二、少量多次效果更好
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，但最增加了肥料投入成本。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地冲施生物菌剂，才能达到经济利益最大化。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以一次每亩(667平方米)施用生物菌剂1公斤左右为宜，连续使用2~3次，坚持少量多次，这样可以最大程度地发挥生物菌活化土壤的作用。
三、满足生物菌肥肥效发挥条件
生物菌剂含有大量的有益微生物，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显著。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气，并且微生物的生长繁殖需要有机质作为营养物质。因此，基肥最好施用一定量的有机肥，冲施土壤多菌宝时水不要过大，防止菌剂淋溶至深层土壤，氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。其实菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，还容易烧根，造成黄苗等现象，如果施用化肥时配合冲施土壤等生物菌剂，则会减少根系被大化化颗粒烧伤等问题发生。
二、少量多次效果更好
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，但最增加了肥料投入成本。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地冲施生物菌剂，才能达到经济利益最大化。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以一次每亩(667平方米)施用生物菌剂1公斤左右为宜，连续使用2~3次，坚持少量多次，这样可以最大程度地发挥生物菌活化土壤的作用。
三、满足生物菌肥肥效发挥条件
生物菌剂含有大量的有益微生物，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显著。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气，并且微生物的生长繁殖需要有机质作为营养物质。因此，基肥最好施用一定量的有机肥，冲施土壤多菌宝时水不要过大，防止菌剂淋溶至深层土壤，氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。